La historia de Digimon Tamers cambia completamente con las dos primeras temporadas, ¿esperabas volver a ver a Tai, Sora, Matt, T.K y a los otros? Pues en esta historia no, despidete de ellos, y entra en un mundo digital completamente diferente de los dos primeros...
Esta historia comienza, cuando Takato, un niño de primaria normal y corriente, descubre una misteriosa carta azul entre su coleccion
al pasarla por su lector de cartas, un brillo asombroso le muestra su D-Power, Takato, aun pensando en aquel evento, coge su D-Power y decide ir a clase, pero como siempre llega tarde. Castigado en el pasillo, empieza a dibujar a su propio digimon; Guilmon. Por la noche, el D-Power de Takato, sin ningun motivo, lee las hojas que Takato habia dibujado, entonces, como fruto de todo aquello, aparece Guilmon en el mundo real
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Dias despues Takato conoce a Henry, otro entrenador digital, compañero de Terriermon. Henry conocio a terriermon cuando este salio de la pantalla de su ordenador. Takato y Henry hicieron amistad, igual que Guilmon y Terriermon.
Luego, producto de la avaricia por que su digimon evolucionase, aparece Rika, una chica que va a un colegio privado de chicas, conocida como la Reina de los digimons, ella y su compañera Renamon, intentaran luchar contra Takato y Guilmon, pero Henry y Terriermon conseguiran detenerlos.
Una serie de catastrofes amenazan el mundo real, digimon amenazan con invadir y destruir el mundo real, y nuestros tres heros, uniran fuerzas para acabar con dicho mal
, asique, se aventuran en el mundo digital para acabar con ellos, pero se daran cuenta de que no son los unicos que planean acabar con ellos. Contra ellos, una oscura organizacion del gobierno tambien intenta acabar con estos digimons salvajes, pero, con propositos muy diferentes... este y muchos mas misterios oculta esta entrañable serie:D. Mientras tanto, los digimon de Takato, Henry y Rika evolucionaran para acabar con los digimons salvajes y averiguar mas sobre la organicazon del govierno... Pero ¿que es la evolucion?¿Porque los digimons digievolucionas?¿Y porque?. Las respuestas tambien se encuentrar, era muy sospechoso que Kalumon estuviera siempre cerca cuando digievolucinaban ¿no?
Finalmente (muy resumido) el digimon mas poderoso de todos [llega a la tierra y empieza a sembrar el mal, en esta ultima batalla, Takato Henry y Rika tendran que unir fuerzas con la organizacion del gobierno para acabar con dicho mal. El padre de Henry (que estaba en la organizacion). La organizacion crea entonces una carta roja, que hace que los digimons se fusiones con sus entrenadores. Asique nuestros cuatro entrenadores (ahora son cuatro, porque a medida de la aventura se les une Ryo, con su compañero Monodramon) evolucionan a las etapas mas poderosas de sus digimon, acaban con el mal.. Pero no todo iba a acabar bien
Dias atras el padre de henry, habia examinado a terriermon, y como el padre de Henry era de la organizacion del gobierno, instalo en terriermon un chip... Tras derrotar al mal que llego a la tierra, Todos los digimons de nuestros heroes (Guilmon, Terriermon, Renamon, Monodramon, Impmon, Kalumon) seran llevados de vuelta al mundo digital, i la puerta sera sellada de tal forma que lso digimons no vuelvan mas al mundo real ni los niños puedan ir al mundo digital.